1、成立年限不一樣：軍統(tǒng)局是1937年底創(chuàng)立，而機要局是1946年6月創(chuàng)立 。
2、單位領導不一樣：軍統(tǒng)局負責人是戴笠 ， 而機要局負責人是毛人鳳 。
【保密局和軍統(tǒng)的區(qū)別】3、全名不一樣：軍統(tǒng)局全名國民政府軍事委員會調(diào)研審計局，通稱軍統(tǒng)局 。而原軍統(tǒng)局核心系統(tǒng)改制為以毛人鳳為代表的國防部長機要局 ， 通稱機要局 。
國務院令負責人全國各地保密的工作部門 。1988年4月國務院令體制改革，國務院令開設保密局，為國務院部委屬地管理的國家藥監(jiān)局，是負責全國各地保密的工作部門 。其核心目標就是，提升保密戰(zhàn)略方針、政策及現(xiàn)代邏輯科學研究 。逐步完善各類信息保密政策法規(guī)，逐漸構(gòu)建完善的信息保密法制體系；搞好全國各地保密的宏觀調(diào)節(jié)、具體指導、查驗、機構(gòu)、融洽等相關工作 ， 維護社會的安全性和利益，保證中國改革開放和社會主義改造事業(yè)發(fā)展的順利開展 。
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