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慢性菌痢需與下列疾病鑒別：
(1)慢性潰瘍性結(jié)腸炎：病程長，抗菌痢治療無效。腸鏡檢查可見腸粘膜有廣泛出血點或潰瘍，粘膜脆性強易出血。晚期鋇劑灌腸X線檢查，可見結(jié)腸袋消失，結(jié)腸變短，管腔變小，可見狹窄區(qū) 。
(2)直腸或結(jié)腸癌：發(fā)生于40歲以上者較多，常見血便或膿血便，隨后出現(xiàn)腹瀉、體重減輕、貧血等表現(xiàn) 。做直腸鏡、乙狀結(jié)腸鏡及活體組織檢查可確診;高位者需行鋇灌腸X線檢查或纖維結(jié)腸鏡檢查。
(3)慢性血吸蟲病：有流行區(qū)河水接觸史，肝脾多腫大，血象嗜酸粒細胞增多，血清環(huán)卵沉淀試驗陽性，糞便孵化沉淀檢查有毛蚴，腸鏡檢查直腸粘膜充血水腫，腸粘膜活檢可見血吸蟲卵。

確診細菌性痢疾的常見檢查項目
1、血常規(guī)
血常規(guī)是指通過觀察血細胞的數(shù)量變化及形態(tài)分布從而判斷血液狀況及疾病的檢查。
急性菌痢患者做血常規(guī) ，白細胞總數(shù)和中性粒細胞比例呈輕至中度升高。
慢性菌痢患者做血常規(guī) ，可有血紅蛋白低等貧血的表現(xiàn) 。
2、大便常規(guī)
便常規(guī)檢查主要是對大便中的白細胞、膿細胞、紅細胞以及寄生蟲卵的數(shù)量檢查，如果數(shù)值多于或者少于正常數(shù)值，就可能出現(xiàn)了病變
細菌性痢疾典型者，外觀為鮮紅黏凍狀的稀便。鏡檢可見大量膿細胞（每高倍鏡視野白細胞或膿細胞≥15個）和紅細胞，并有巨噬細胞。
3、糞便培養(yǎng)
細菌培養(yǎng)是一種用人工方法使細菌生長繁殖的技術(shù) 。糞便培養(yǎng)志賀菌陽性可確診。
4、特異性核酸檢測
應用聚合酶鏈反應（PCR）和DNA探針雜交法可直接檢查病原菌的特異性基因片段，靈敏度高，特異性強，有助于早期診斷。

5、血清免疫學檢查
血清免疫學檢測，是主要的免疫學檢查。血清因子都在一定的范圍內(nèi) ，和正常值呈陰性。
用免疫學方法檢測細菌或抗原有助于菌痢的早期診斷，但易出現(xiàn)假陽性。
6、腸鏡檢查
腸鏡檢查是經(jīng)肛門將腸鏡循腔插入至回盲部，從黏膜側(cè)觀察結(jié)腸病變的檢查方法。腸鏡檢查幾乎可以滿足全部結(jié)腸區(qū)域的檢查需要。
急性菌痢患者腸鏡檢查可見腸黏膜彌漫性充血、水腫、大量滲出液，有淺表潰瘍。慢性患者腸黏膜呈顆粒狀，可見潰瘍或息肉，并可取病變部位分泌物作細菌培養(yǎng) 。
7、X線鋇餐檢查
鋇餐造影即消化道鋇劑造影，是指用硫酸鋇作為造影劑，在X線照射下顯示消化道有無病變的一種檢查方法。
這個適用于慢性菌痢患者，可見腸道痙攣、動力改變、袋形消失、腸道狹窄、黏膜增厚或呈階段狀。