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另外，古代的中醫(yī)還發(fā)現(xiàn)每一條臟的經(jīng)絡都和另一條腑的經(jīng)絡緊密相連。例如手臂上肺的經(jīng)絡和大腸的經(jīng)絡分別在手臂的內(nèi)外兩側，用針刺穴位治療時，如果針尖到達的位置真正是經(jīng)絡的所在，那么肺和大腸的經(jīng)絡實際上可能只有幾毫米的距離。

雖然從解剖學來看，肺和大腸在完全不同的位置，甚至找不出任何關聯(lián) 。但是從經(jīng)絡上看，這兩個器官卻是緊密相連的，而兩條經(jīng)絡上的各種物理特性，例如溫度、導電性、體液流動等，都會互相影響。古代的中醫(yī)就把這兩個器官視為相同的系統(tǒng)，稱為“互為表里” 。
中醫(yī)經(jīng)過幾千年的觀察，也確認了這兩個器官發(fā)生變化時，經(jīng)常是同步而且性質相同的。例如，人體出現(xiàn)感冒的癥狀時，在中醫(yī)看來，這是肺熱的現(xiàn)象（熱和寒的癥狀是中醫(yī)疾病診斷中非常重要的指標），這時通常也會伴隨著便秘的癥狀，中醫(yī)稱這時的便秘為大腸燥熱癥。
類似于肺與大腸互為表里的情形也發(fā)生在心和小腸、肝和膽、脾和胃、腎和膀胱等器官之間。這種“臟腑互為表里”的歸納方法，把原來的十個器官減少到五個體系，人體系統(tǒng)分析診斷的復雜程度立刻大幅下降。這樣也有機會用五行中的五個元素，來描述所有臟和腑之間的復雜關系。
除了這五個主要的臟和腑之外，古代的中醫(yī)還發(fā)現(xiàn)另外四條主要的經(jīng)絡。第一條是在手臂內(nèi)側的中心在線，稱為心包經(jīng)，和心包的功能有密切關系，這條經(jīng)絡功能的好壞直接影響血液運行的狀態(tài) 。第二條是位于手臂外側的中心在線，稱為三焦經(jīng)，經(jīng)常會反映胸腔和腹腔的問題，這條經(jīng)絡功能的好壞直接影響“氣”的運行狀態(tài) 。第三條是位于人體軀干正面的中心在線，稱為任脈。第四條在人體背面，稱為督脈。任脈和督脈與身體所有器官都有關聯(lián)，是人體最重要的經(jīng)絡。
由于心包和心臟是在一起的，而三焦卻和所有其他的腑沒有關聯(lián)，因此，中國人就把所有臟腑稱為“五臟六腑” 。五臟是心、肝、脾、肺、腎，其中的心包含了心臟和心包兩個系統(tǒng)；六腑則是小腸、膽、胃、大腸、膀胱、三焦。除了前面所說的五臟和五腑互為表里外，心包和三焦則是另一組互為表里的經(jīng)絡。
比較中、西醫(yī)對人體系統(tǒng)的描述，可以看出，西醫(yī)是以近代的解剖學為基礎，以眼睛所見的硬件結構來建立系統(tǒng)，各個系統(tǒng)都是獨立的，系統(tǒng)之間并沒有太多的關系。中醫(yī)則是累積了數(shù)千年人類經(jīng)驗所形成的智能體系，以推理的方式，就整個人體的軟硬件結構建立一個具備了縝密的邏輯和結構的系統(tǒng)，因此能夠沿用數(shù)千年。
在中國古代的書籍中，很少提到“腦”，這也是中西醫(yī)概念上很大的差異之一。
中醫(yī)的觀點中，人體是一體的，五臟六腑之間有非常緊密的關系，而且是經(jīng)常保持平衡的。除了解剖學所提到的硬件之外，中醫(yī)還有許多概念性或功能性的系統(tǒng)，例如能量系統(tǒng)、資源管理系統(tǒng)等。在過去科技不發(fā)達、沒有測量儀器的年代，由于缺乏數(shù)字概念，醫(yī)書中只能用各種特殊的名稱來表示這些系統(tǒng) 。如能量系統(tǒng)就用陰、陽、五行、虛、實、血氣和火來表示；資源管理系統(tǒng)則用相生相克、平衡及其他的方式來表示。由于這些描述和現(xiàn)代科學精確的數(shù)據(jù)化用語有很大的差異，使得整個中醫(yī)看起來成為難以理解的玄學。

從現(xiàn)代工程學來看，就人體這樣一個獨立運行的系統(tǒng)而言，依據(jù)解剖學所建立的現(xiàn)代醫(yī)學人體系統(tǒng)有很多缺陷。例如，能量系統(tǒng)是所有獨立個體不可或缺的部分。就像個人計算機中的電源供給系統(tǒng)、汽車上的油路系統(tǒng)和電路系統(tǒng)都是系統(tǒng)中的能量系統(tǒng)，是各自非常重要的部分，唯獨現(xiàn)代醫(yī)學所描述的人體系統(tǒng)中沒有這個部分。