新疆財經(jīng)大學(xué)的前身是新疆省人民政府干部培訓(xùn)班；1959年升格為新疆財經(jīng)學(xué)院，在2000年，新疆財經(jīng)學(xué)院、新疆經(jīng)濟(jì)管理干部學(xué)院和新疆財政稅務(wù)學(xué)校合并，在2007年，升格為新疆財經(jīng)大學(xué) 。新疆財經(jīng)大學(xué)在1998年獲得碩士學(xué)位授予權(quán)，現(xiàn)有一個應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)一級學(xué)科博士點 。
第三層次第三層次的大學(xué)包括：塔里木大學(xué)、喀什大學(xué)、伊犁師范大學(xué) 。
塔里木大學(xué)的前身可追溯到1958年，由王震將軍創(chuàng)辦，原名叫塔里木農(nóng)墾大學(xué)，王震將軍生前一直是名譽(yù)校長，在2004年，改名為塔里木大學(xué) 。從歷史可以看出，農(nóng)學(xué)是學(xué)校的特色和王牌
喀什大學(xué)創(chuàng)建于1962年，是自治區(qū)最早的五所學(xué)校之一，當(dāng)時是喀什師范?？茖W(xué)校，1978年升格為本科院校，2015年改名為喀什大學(xué) 。2003年獲得碩士授權(quán)點，現(xiàn)有5個一級學(xué)科碩士點，王牌學(xué)科有：教育學(xué)、中國語言文學(xué)和化學(xué) 。
伊犁師范大學(xué)的前身是1948年成立的新疆省立伊犁?？茖W(xué)校，1980年升格為本科院校，改名為伊犁師范學(xué)院，2018年再次改名為伊犁師范大學(xué) 。現(xiàn)在，伊犁師范大學(xué)有8個一級學(xué)科碩士點，包括：教育學(xué)、數(shù)學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)、生物學(xué)、中國語言文學(xué)、思想政治教育和法學(xué) 。
第四層次新疆工程學(xué)院、昌吉學(xué)院、新疆理工學(xué)院、新疆科技學(xué)院、新疆第二醫(yī)學(xué)院 。
新疆工程學(xué)院前身是新疆煤礦學(xué)校，創(chuàng)建于1958年，2012年升格為本科院校，改名為新疆工程學(xué)院，比較強(qiáng)的專業(yè)有：采礦、資源勘查、電氣工程及其自動化、機(jī)械、安全工程、礦物加工工程等 。
昌吉學(xué)院的前身是成立于1959年的昌吉師范學(xué)校，2001年升格為本科院校，改名為昌吉學(xué)院 。昌吉學(xué)院比較好的專業(yè)有：教育學(xué)、材料、數(shù)學(xué)、能源與動力、計算機(jī)等 。
新疆理工學(xué)院在阿克蘇，前身是新疆大學(xué)科學(xué)技術(shù)學(xué)院，在2019年轉(zhuǎn)設(shè)為公辦大學(xué)，比較好的專業(yè)有：通信工程、機(jī)械、計算機(jī)、物流工程、過程裝備等 。
新疆科技學(xué)院在庫爾勒，前身是新疆財經(jīng)大學(xué)商務(wù)學(xué)院，2019年轉(zhuǎn)設(shè)為公辦大學(xué)，比較好的專業(yè)是：會計學(xué)、金融學(xué)、財務(wù)管理、人力資源管理 。
新疆第二醫(yī)學(xué)院在克拉瑪依市，前身是新疆醫(yī)科大學(xué)厚博學(xué)院，在2021年轉(zhuǎn)設(shè)為公辦大學(xué) 。
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