1、出菇管理
早秋平菇：該階段的管理重點應強調一個“水”字 。常規(guī)栽培的，出菇后菌袋失水嚴重，應采取浸泡或注射等方法予以補水，以期獲得較高產(chǎn)量 。9月播種的平菇，應盡量控制水平衡，使之進一步菌絲后熟，最大限度地積累營養(yǎng)，為10月出菇奠定基礎 。
金針菇：大部分金針菇出菇已進入尾聲，約有三分之一的金針菇還在出菇 。用冷庫反季節(jié)栽培金針菇的最大難度是水分管理 。部分金針菇出菇場所濕度偏低，導致產(chǎn)量不盡人意 。其中主要有兩大問題：濕度測量時主要位置多在1.5米高度，而冷庫內的溫度呈上高下低狀態(tài)，用水多采取地面灑水的辦法，使得高層的溫度偏高而濕度偏低；目前原料多棉籽殼，為大殼、短絨，吸水率低（約30%左右），而且持水性差，導致菌袋內水分“先天不足” 。
【秋季食用菌管理措施】雙孢菇：9月上旬播種的雙孢菇，10月中下旬出第一潮菇 。注意出菇后對畦床進行有效補水，以利出第二潮菇 。
木耳類：由于溫差較大，無論是黑木耳還是毛木耳，生長速度都變慢 。此時，不要噴水過多，以延長生長期，最大限度地提高產(chǎn)量
香菇：高溫型香菇已進入末期管理，由于溫度變低、溫差變大，香菇質量將會因此而提高 。但要注意，10月初進行最后一次泡袋后，強化低溫管理，可以長出一批高品質的鮮菇，隨即應清棚，進行消毒殺菌處理 。10月底即可準備將低溫型香菇菌株的菌袋移進棚 。
2、發(fā)菌管理
菌種無論二級種還是三級種，均應注意，濕度大對菌種是不利的 。應加強通風管理，有條件的應進行降濕處理 。要嚴格剔雜，尤其要防范鏈孢霉等毀滅性雜菌的發(fā)生 。一旦發(fā)現(xiàn)，要立即用塑料袋慢慢套住污染菌袋，移到棚外進行銷毀處理 。
香菇：低溫型香菇發(fā)菌多已完成，此時應密切注意溫度變化，本著“就低不就高”的原則，調整發(fā)菌溫度，寧可延長發(fā)菌時間，也不要因溫度高導致菌袋受損 。個別地區(qū)的香菇進入后熟期或轉色期，應設法降低溫度，根據(jù)菌絲的生長狀況，適時適度打孔，并拉大溫差和濕度差，以利菌絲的生理轉換 。
中低溫型平菇常規(guī)管理即可 。發(fā)菌棚覆蓋防蟲網(wǎng)，并每3天噴灑1次高效氯氰菊酯，以防菇蚊等害蟲的侵襲 。
雙孢菇：部分延期栽培的雙孢菇可于10月中旬前后播種，管理重點是防止病蟲侵襲 。每5天噴灑1次百病傻300倍液，預防雜菌滋生 。
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