晚年的杰斐遜鐘情于教育事業，把創辦一所大學作為他晚年的最大心愿 。杰斐遜認為，人民有管理自己事務的能力，但人民由于缺乏明確的辨別力，有時也可能犯錯誤，因此，必須靠教育來提高他們的判斷力 。1818年，弗吉尼亞議會接受了杰斐遜提出的創建一所大學的建議，撥款15000美元，并指定了一個委員會專門負責研究大學的組織和選址問題 。
從此時起，杰斐遜把所有的精力都放在了弗吉尼亞大學的籌建中，甚至連校舍的建筑圖都是他親手繪制的 。他還大膽地從歐洲聘請教授，派人到英國的牛津、劍橋等著名大學物色一流的學者來校任教 。杰斐遜在挑選教授時，不但看學術水平，還要看政治觀點，尤其是法律教授 。
杰斐遜紀念堂
在他看來，教授必須是一個堅定的共和主義者，因為他希望自己一手創辦的這所大學能培養出有民主傾向的律師，并通過律師來影響立法機關（在當時，大多數被選進議會的人都是律師），使立法機關傾向民主 。為了在家鄉建成這所現代化的大學，在晚年本可以生活得無憂無慮的他變賣了自己大量的土地和許多心愛的藏書，臨死前還背上了沉重的債務 。在他的努力下，1824年5月，學校正式建成 。杰斐遜覺得，創建弗吉尼亞大學是他一生中最偉大的成就之一，因而將此寫進了自己的墓志銘 。
1826年7月4日，正值美國《獨立宣言》發表50周年之際，杰斐遜離開了人世 。對他，美國人民自然十分懷念 。今天，在美國的許多城市都有他的紀念碑，其中有三個最具代表性：
一個是豎立在華盛頓的紀念碑，上面銘刻著“我在上帝的祭壇上發下誓言，要永遠反對一切人類心靈暴虐統治的專制形式” 。這是杰斐遜一生為之奮斗的目標 。
杰斐遜雕像
另一個是豎立在圣路易斯安那的紀念碑，它不僅紀念杰斐遜為美國的和平與進步所作的貢獻，而且是標志美國開發西部的里程碑 。
還有一個是豎立在他的故鄉蒙蒂塞洛的紀念碑，上面銘刻著他為自己寫下的墓志銘：
托馬斯·杰斐遜之墓
美國《獨立宣言》與《弗吉尼亞宗教自由法規》起草人
弗吉尼亞大學創建人
【美國總統杰斐遜的歷史影響、歷史評價怎么樣？】安息于此
杰斐遜一生中最為人稱道的是他的民主和自由平等的思想 。從早年一直到去世，他的民主思想既有一貫性，又在不斷發展完善 。自然權利說是杰斐遜民主思想的基礎，他相信人生來就享有自然賦予的一切權利，包括尋找新的居住地，按自己意愿建立新社會的權利、自由信仰宗教的權利和自治的權利 。他一直堅信，“只有人的固有的和不可轉讓的權利是永恒不變的”，這也正是他起草《獨立宣言》和制定弗吉尼亞《宗教自由法規》的緣由 。
人民主權思想是杰斐遜民主思想的核心 。他對人民有著無限的信心，在寫給法國重農學派尼摩爾的信中，他曾說道：“我們兩個人都愛人民，但是，你把他們當作幼兒加以愛護，沒有保姆你是不相信他們的，而我則把他們看成大人，他們統治自己我是放心的 。”盡管他承認多數人有時也會作出錯誤的決定，但“人民的欺詐較少危害” 。
所以當謝斯起義爆發時，杰斐遜不但不驚恐、反感，反而認為這是一件好事，“它在政治界是必要的，正如同暴風雨在自然界是必要的一樣”，他還警告說：“上帝不允許我們在20年中沒有一次這樣的叛亂 ?！苯莒尺d認為，只有保證人民的參政權，才能建立一個民主的社會，“在美國必須讓人民參加政府的每個部門，……這是保證長期地和忠誠地行使政府權力的唯一辦法 ?！倍谶@些參政的人民中，只有農民才是“上帝挑選的公民”，是他的理想的民主共和國最好的社會基礎 。由此，我們也就不難理解他為什么主張“農業立國”了 。
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