一個(gè)氨基酸的羧基與另一個(gè)氨基酸的氨基縮水形成的共價(jià)鍵 ， 稱為肽鍵 。在蛋白質(zhì)分子中，氨基酸之間以肽鍵連接起來 ， 形成肽鏈 。
最簡(jiǎn)單的肽由兩個(gè)氨基酸組成，稱為二肽 。含有三個(gè)氨基酸的肽稱為三肽，以此類推 。肽鏈中的氨基酸由于形成肽鍵時(shí)脫水 ， 已不是完整的氨基酸，所以稱為殘基 。肽的命名是根據(jù)組成肽的氨基酸殘基來確定的 。一般從肽的氨基端開始，稱為某氨酰某氨?！嘲被?。肽的書寫也是從氨基端開始：
H2N-Ala-Tyr-Gly-COOH
肽鏈的英文名稱也是連續(xù)書寫的 ， 上面的三肽寫作“Alanyltyrosylglycine” 。所以 ， 一條長(zhǎng)長(zhǎng)的肽鏈，就會(huì)有一個(gè)長(zhǎng)長(zhǎng)的名字 。據(jù)說，肌聯(lián)蛋白含有25000多個(gè)氨基酸，其化學(xué)名是最長(zhǎng)的英文單詞，有189,819個(gè)字母，讀一遍要用3個(gè)半小時(shí) 。
肽鍵中的原子由于可產(chǎn)生共振而表現(xiàn)出較高的穩(wěn)定性 。在肽鍵中C-N單鍵具有約40％雙鍵性質(zhì)，而C=O雙鍵具有40％單鍵性質(zhì) 。這樣就產(chǎn)生兩個(gè)重要結(jié)果：第一，肽鍵的亞氨基在pH 0-14的范圍內(nèi)沒有明顯的解離和質(zhì)子化的傾向；第二 ， 肽鍵中的C-N單鍵不能自由旋轉(zhuǎn)，使蛋白質(zhì)能折疊成各種三維構(gòu)象 。
除了蛋白質(zhì)部分水解可以產(chǎn)生各種簡(jiǎn)單的多肽以外，自然界中還有長(zhǎng)短不等的小肽，它們具有特殊的生理功能 。動(dòng)植物細(xì)胞中含有一種三肽 ， 稱為谷胱甘肽，即δ-谷氨酰半胱氨酰甘氨酸 。其中的“δ-”表示谷氨酸是用側(cè)鏈的羧基與半胱氨酸形成肽鍵 。因?yàn)檫@些小肽的合成是用專門的酶合成的，所以會(huì)有非標(biāo)準(zhǔn)肽鍵，也可以含有特殊氨基酸 。
谷胱甘肽含有巰基，用GSH表示，稱為還原型谷胱甘肽 。兩個(gè)還原型谷胱甘肽被氧后會(huì)通過二硫鍵連接到一起，稱為氧化型谷胱甘肽（GSSG） 。谷胱甘肽在體內(nèi)的氧化還原過程中起作用，是一種重要的抗氧化劑 。谷胱甘肽過氧化物酶（Glutathione peroxidase）清除過氧化物的過程中就要用到GSH 。
腦啡肽是天然止痛劑 。肌肉中的肌肽可作為肌肉中的緩沖劑，緩沖肌肉產(chǎn)生的乳酸對(duì)pH的影響 。一種抗生素叫做短桿菌酪肽，由12種氨基酸組成，許多激素也是多肽，如催產(chǎn)素、加壓素、舒緩激肽等 。
小肽的物理性質(zhì)與氨基酸類似，也是離子晶體 ， 在水溶液中以偶極離子存在 。肽鍵的亞氨基不解離，所以肽的酸堿性取決于末端氨基、羧基和側(cè)鏈基團(tuán) 。肽的滴定曲線和氨基酸的相似，等電點(diǎn)也可以根據(jù)它的各個(gè)基團(tuán)pK值確定 。
肽的化學(xué)性質(zhì)和氨基酸相似，但有一些與肽鍵相關(guān)的反應(yīng)是氨基酸所沒有的，如雙縮脲反應(yīng) 。一般含有兩個(gè)或兩個(gè)以上肽鍵的化合物都能與CuSO4堿性溶液發(fā)生反應(yīng)，生成紫紅色或藍(lán)紫色的復(fù)合物 。這個(gè)反應(yīng)并不需要雙縮脲，這樣命名是因?yàn)殡p縮脲的結(jié)構(gòu)與肽鍵類似 ， 也可以發(fā)生類似反應(yīng) 。這個(gè)反應(yīng)可以用來測(cè)定蛋白質(zhì)含量 。
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