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鯨魚(yú)與河馬
1985年，美國(guó)古生物學(xué)家文森特·桑里奇通過(guò)比較血液蛋白質(zhì)的相似性后發(fā)現(xiàn)，鯨類(lèi)動(dòng)物與河馬科動(dòng)物存在親緣關(guān)系。1997年，科學(xué)家根據(jù)形態(tài)學(xué)證據(jù)和大約20個(gè)DNA樣品的研究結(jié)果，證明鯨類(lèi)動(dòng)物和偶蹄目動(dòng)物可以組成一個(gè)叫做“鯨-偶蹄類(lèi)的總目” 。2005年，河馬科動(dòng)物與鯨類(lèi)動(dòng)物之間的親緣關(guān)系得到了分子學(xué)研究的證實(shí)，為“鯨－偶蹄類(lèi)動(dòng)物”假說(shuō)提供了證據(jù)支持。
分析證實(shí)，河馬與鯨魚(yú)擁有—個(gè)棲居于水中的共同祖先，生活在5000萬(wàn)～6000萬(wàn)年前。這種古老動(dòng)物中的—個(gè)種群最終進(jìn)入海洋，成為鯨類(lèi)動(dòng)物，而另—個(gè)種群進(jìn)化成一種叫做碳獸的似豬動(dòng)物，河馬是其唯一的后代。
早期鯨類(lèi)動(dòng)物的進(jìn)化證據(jù)
巴基斯坦古鯨：

生活于5500萬(wàn)，4900萬(wàn)年前始新世早期。2001年，考古人員在巴基斯坦發(fā)現(xiàn)了一具鯨類(lèi)動(dòng)物顱骨化石，通過(guò)分析其形態(tài)特征，科學(xué)家認(rèn)為它屬于古代鯨類(lèi)動(dòng)物，尤其是其內(nèi)耳骨結(jié)構(gòu)與鯨類(lèi)動(dòng)物非常相似 ?，F(xiàn)代鯨類(lèi)動(dòng)物和鯨類(lèi)動(dòng)物化石的耳朵都呈現(xiàn)這種結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，而且這種結(jié)構(gòu)特點(diǎn)只有鯨類(lèi)動(dòng)物才具有，其他動(dòng)物沒(méi)有。
巴基斯坦古鯨看上去非常像長(zhǎng)著蹄子的犬科動(dòng)物，尾巴又粗又長(zhǎng) 。最初，科學(xué)家認(rèn)為巴基斯坦古鯨的耳朵是為適應(yīng)水下生活而發(fā)生的一種適應(yīng)性進(jìn)化。然而，結(jié)合這種動(dòng)物的其他生理特征，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，這樣的耳朵實(shí)際上更適合于陸地生活。如果說(shuō)巴基斯坦古鯨是鯨類(lèi)動(dòng)物的祖先，那么鯨魚(yú)的水下聽(tīng)覺(jué)系統(tǒng)一定是后來(lái)進(jìn)化出來(lái)的。除此之外，巴基斯坦古鯨的牙齒也與后來(lái)出土的鯨魚(yú)化石牙齒非常相似，呈鋸齒狀三角形，很像鯊魚(yú)的牙齒，而鯊魚(yú)牙齒與現(xiàn)代鯨魚(yú)的牙齒非常相像。
印鏖霍斯：

生活于4900萬(wàn)年前。印度霍斯的發(fā)現(xiàn)完全是一個(gè)偶然事件：在最早發(fā)現(xiàn)這個(gè)物種的顱骨化石的人去世后，他的妻子將化石送給了斯威森。有一天，斯威森的一位技術(shù)助手在無(wú)意間弄壞了這具顱骨化石，結(jié)果顯露出具有鯨魚(yú)特征的內(nèi)耳結(jié)構(gòu) 。印度霍斯只有貓那么大，屬于食草動(dòng)物，外形類(lèi)似鹿。與巴基斯坦古鯨一樣，印度霍斯也擁有與鯨類(lèi)動(dòng)物一樣的內(nèi)耳結(jié)構(gòu)，以及又粗又長(zhǎng)的尾巴。但是，與巴基斯坦古鯨相比，印度霍斯的骨骼更加粗厚，非常適合于水中行走。此外，其牙齒中的氧同位素含量與水生動(dòng)物相同。這些都說(shuō)明，印度霍斯更適于水中生活。
印度霍斯實(shí)際上并非現(xiàn)代鯨類(lèi)動(dòng)物的直接祖先，它只是從鯨類(lèi)動(dòng)物進(jìn)化線(xiàn)上分化出來(lái)的一種動(dòng)物，具有鯨類(lèi)動(dòng)物的某些特點(diǎn)，如內(nèi)耳和粗骨骼 ?？茖W(xué)家認(rèn)為，印度霍斯的進(jìn)化過(guò)程與單孔類(lèi)哺乳動(dòng)物有相似之處，單孔類(lèi)哺乳動(dòng)物是目前仍保留早期哺乳動(dòng)物原始形態(tài)的一種動(dòng)物。與其他哺乳動(dòng)物—樣，單孔類(lèi)哺乳動(dòng)物也生有毛發(fā)，但是缺乏胎盤(pán)，卵生。單孔類(lèi)動(dòng)物與其他哺乳動(dòng)物擁有同一祖先，但在哺乳動(dòng)物進(jìn)化出胎盤(pán)之前，就與其他哺乳動(dòng)物在進(jìn)化之路上分道揚(yáng)鑣了。印度霍斯的進(jìn)化也屬于這種情況。
走鯨：

生活于4800萬(wàn)年前。走鯨是一種兩棲哺乳動(dòng)物，棲居于古地中海沿岸的三角洲地帶，經(jīng)常出沒(méi)于微成的溫暖河流里。走鯨體長(zhǎng)約3米，沒(méi)有耳廓，其捕獵行為可能非常像鱷魚(yú)，尤其擅長(zhǎng)于水下伏擊。走鯨的骨骼結(jié)構(gòu)說(shuō)明，它們無(wú)論在陸地還是在水中，行動(dòng)都不是很敏捷，因此只能靠伏擊來(lái)獵取食物。