勞亞獸總目是真獸下綱最大的一個(gè)總目，包括翼手目（蝙蝠）、食蟲目（刺猬和鼩鼱）、有蹄大目（鯨和有蹄類）和猛獸大目（食肉目和穿山甲） 。原始勞亞獸的開枝散葉和蝙蝠的進(jìn)化，從恐龍剛剛滅絕的時(shí)候就開始了 。目前發(fā)現(xiàn)的最早蝙蝠化石可追溯至晚古新世（約5500萬年前） 。
果蝠倒掛在樹枝上休息
在新生代來臨之際，蝙蝠仍保留著它祖先的樣子——樹棲，以昆蟲為主食，夜間活動 。而這時(shí)地球正在經(jīng)歷“古新世—始新世極熱事件”，恐龍雖然滅絕了，但環(huán)境還是一樣濕熱甚至更加濕熱，飛行昆蟲也越來越繁盛 。樹上的蝙蝠祖先為了取食日益豐富的飛行昆蟲，開始頻繁在樹與樹之間跳躍，經(jīng)過代代自然選擇，蝙蝠終于長出了翅膀，飛上了天 。
哺乳動物向來視覺不佳，晚上光線又差，如果在樹上活動還能勉強(qiáng)應(yīng)付，但當(dāng)蝙蝠飛起來，如果能確保抓住行動迅速的飛蟲而又不撞樹呢？為此，蝙蝠發(fā)展出了回聲定位功能，它從嘴里發(fā)出超聲波，超聲波遇到物體就反彈回來，蝙蝠可以根據(jù)反彈回來的超聲波判斷前方是食物還是障礙物 。
2003年在美國懷俄明州早始新世（5250年前）的地層中發(fā)現(xiàn)了兩類原始蝙蝠化石，分別是伊神蝠（Icaronycteris）和爪蝠（Onychonycteris） 。它們都顯示出會飛的特征：長有皮膜狀翅膀，肩部飛行肌肉發(fā)達(dá) 。也都表現(xiàn)出較為原始的特征：翅膀較短小，前肢較短而后腿較長，證明它們不如現(xiàn)代蝙蝠飛得快，但仍可以在樹上攀援 。
然而，它們也存在顯著不同之處 。伊神蝠有加大的耳蝸結(jié)構(gòu)，而且從舌骨結(jié)構(gòu)判斷已經(jīng)可以發(fā)出超聲波，證明伊神蝠已經(jīng)具備回聲定位能力 。而爪蝠沒有上述結(jié)構(gòu)，說明它雖然會飛，但還不會回聲定位 。
這兩種古蝙蝠化石的發(fā)現(xiàn)，說明了以下三個(gè)問題 。第一，蝙蝠的飛行起源于從樹上下落，而不是從地面上起飛 。第二，蝙蝠飛行能力的演化早于回聲定位 。第三，伊神蝠可能位于現(xiàn)代蝙蝠演化主干上，至少是近親；而爪蝠只是旁系遠(yuǎn)親，由于它不會回聲定位，很快就被自然選擇淘汰了 。
今天，我們對于蝙蝠的演化過程仍所知甚少，這主要是因?yàn)轵鸬墓羌鼙容^細(xì)小，很難保存下來形成化石，現(xiàn)存蝙蝠中只有12%的屬發(fā)現(xiàn)過化石 ?，F(xiàn)在蝙蝠有兩大分支：大多數(shù)食蟲蝙蝠為一支，菊頭蝠和果蝠為另一支 。
民間傳說蝙蝠是老鼠吃鹽變得，這代表了古人一種樸素的認(rèn)識 ?，F(xiàn)代科學(xué)證實(shí)，蝙蝠的祖先絕不是老鼠，它們是并列演化的關(guān)系，都是從形似老鼠的古哺乳動物進(jìn)化來的 。
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