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Linux操作系統(tǒng)關(guān)于集群的安裝與并行計(jì)算

云知道

;1.linux安裝 安裝過程就不多說了 。需要注意的是安裝時(shí)，如果機(jī)群不與外界聯(lián)網(wǎng)則可以不考慮安全 方面的因素而把rsh選為可信賴的服務(wù)，注意安裝相應(yīng)的軟件包；如果還要與外界保持聯(lián) 網(wǎng)，出于安全需要應(yīng)把ssh選為可信賴的服務(wù) 。安裝以后，應(yīng)該保證各節(jié)點(diǎn)之間能夠用s sh相互登錄 。每個(gè)節(jié)點(diǎn)的sshd都應(yīng)該能正常提供服務(wù) 。主機(jī)名：node1...noden (我所構(gòu) 建的系統(tǒng)n=2) 2.創(chuàng)建NFS服務(wù) 在服務(wù)器節(jié)點(diǎn)public目錄下建立mpi目錄，并將其配置成NFS服務(wù)器，在/etc/exports文 件中加入一行： /public/mpi node1(rw) node2(rw) 在客戶端節(jié)點(diǎn)的/etc/fstab文件中增加一行： sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0 將/public/mpi這個(gè)目錄從服務(wù)器節(jié)點(diǎn)輸出，并裝載在各客戶端，從而便于在各節(jié)點(diǎn)間分 發(fā)任務(wù) 3.修改/etc/hosts文件，將所有節(jié)點(diǎn)名稱極其ip地址填入 。例如： 127.0.0.1　localhost.localdomain localhost 192.168.1.1　node1 192.168.1.2　node2 ……………………. 每個(gè)節(jié)點(diǎn)都進(jìn)行類似的配置 。這樣做的目的是使節(jié)點(diǎn)之間能夠通過node1 ... noden的名 稱相互訪問 。你可以通過ping noden 或 ssh noden進(jìn)行測(cè)試 。4.修改(或創(chuàng)建)/etc/hosts.equiv文件 將所有你允許訪問本機(jī)進(jìn)行mpi計(jì)算的機(jī)器名填入，一行一個(gè)機(jī)器名 。這一步是為了使節(jié) 點(diǎn)對(duì)其它的節(jié)點(diǎn)放權(quán) 。例如，我的node1是我用于啟動(dòng)mpi集群計(jì)算的機(jī)器，其他的節(jié)點(diǎn)是參與計(jì)算者，在node 1的/etc/hosts.equiv文件是這樣的： node1 #給自己放權(quán)，這樣在只有一臺(tái)機(jī)器時(shí)也可以模擬并行計(jì)算環(huán)境 node2 ..... noden 在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件： node1 #對(duì)node1放權(quán) node2 ...... noden 5.修改~/.bash_profile文件 首先決定一個(gè)用于啟動(dòng)集群計(jì)算的用戶名，不提倡使用root進(jìn)行集群計(jì)算 。這里在每個(gè) 節(jié)點(diǎn)上建立新用戶chief，他們的主目錄都是/home/chief，必須采用同樣的密碼，將來 的計(jì)算程序必須放在相同的路徑上 。譬如你的程序?yàn)椋篺pi.f和a.out，則必須把a(bǔ).out放 在同樣的路境內(nèi)，比如~/mpirun/a.out，每個(gè)節(jié)點(diǎn)都是如此 。修改~/.bash_profile文 件，主要是加入下列幾行腳本： export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin export MPI_USEP4SSPORT=yes export MPI_P4SSPORT=22 export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh 這里我們預(yù)定了將來mpich的運(yùn)行環(huán)境安裝在目錄/usr/local/mpich下面 。其余的三個(gè)變 量是用來通知mpi運(yùn)行環(huán)境采用rsh(或ssh)來作為遠(yuǎn)程shell 。linux的運(yùn)行環(huán)境到此就配 置完畢了 。6.配置rsh 或ssh 對(duì)于采用rsh來作為遠(yuǎn)程shell運(yùn)行MPI的用戶只要保證在各個(gè)節(jié)點(diǎn)上都具有相同的用戶，并把這一用戶的密碼設(shè)為空密碼就可以運(yùn)行了 。若采用ssh作為遠(yuǎn)程shell則按如下配置：以你設(shè)定的用于啟動(dòng)mpi計(jì)算的用戶登錄，運(yùn)行 ssh-keygen，這將生成一個(gè)私有/公開密鑰對(duì)，分別存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/i dentity.pub文件內(nèi) 。然后進(jìn)行訪問授權(quán)，運(yùn)行： cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys ssh-agent $SHELL ssh-add 在每個(gè)節(jié)點(diǎn)重復(fù)一遍 。試著在某一節(jié)點(diǎn)上登錄其它節(jié)點(diǎn)，ssh noden，則在.ssh/下生成 一個(gè)known_hosts2文件，里面放著訪問該主機(jī)的密鑰，把所有密鑰收集起來，在各個(gè)節(jié) 點(diǎn)上作同樣的拷貝 。這樣做的目的是使各節(jié)點(diǎn)相互之間訪問無需輸入密碼 。
【Linux操作系統(tǒng)關(guān)于集群的安裝與并行計(jì)算】7.開啟各項(xiàng)必需的服務(wù) 如果是以根用戶root 登陸系統(tǒng)的則可以用ntsysv命令啟動(dòng)ntsysv實(shí)用程序 。ntsysv 實(shí) 用程序允許使用簡單的菜單界面啟動(dòng)或關(guān)閉各種運(yùn)行等級(jí)的服務(wù) 。在其中我們選擇開啟 rsh ,rlogin,telnet等 。也可以關(guān)閉一些服務(wù)以加快啟動(dòng)速度如sendmail 。如果是使用su命令轉(zhuǎn)為root用戶的則很可能運(yùn)行ntsysv并不出現(xiàn)ntsysvs實(shí)用程序 。此時(shí) 可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的設(shè)置 。用vi編輯器打開xin etd.d: vi /etc/xinetd.d 則可看到如下所示的配置文件: 關(guān)于rsh的設(shè)置如下# default: off# description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and, #consequently, for the rsh(1) program.The server provides #remote execution facilities with authentication based on #privileged port numbers from trusted hosts.service shell{disable = yessocket_type= streamwait= nouser= rootlog_on_success = USERIDlog_on_failure = USERIDserver= /usr/sbin/in.rshd}關(guān)于rlogin的設(shè)置如下# default: off# description: rlogind is the server for the rlogin(1) program.The server #provides a remote login facility with authentication based on #privileged port numbers from trusted hosts.service login{disable = yessocket_type= streamwait= nouser= rootlog_on_success = USERIDlog_on_failure = USERIDserver= /usr/sbin/in.rlogind}關(guān)于telnet的設(shè)置如下# default: off# description: The telnet server serves telnet sessions; it uses # unencrypted username/password pairs for authentication.service telnet{disable = yesflags = REUSEsocket_type = streamwait = nouser = rootserver = /usr/sbin/in.telnetdlog_on_failure= USERID}所有這些服務(wù)在安裝完系統(tǒng)之后都是默認(rèn)為禁用的，要進(jìn)行修改來打開這些服務(wù) 。如要 通過修改啟動(dòng)telenet則就需要改disable = yes為disable = no 。對(duì)于其他的服務(wù)的啟 動(dòng)的修改與之相同 。若啟動(dòng)這些服務(wù)則只需要簡單執(zhí)行： ＃/etc/rc.d/init.d/xinetd restart 或重起計(jì)算機(jī)就可以使所作的更改生效 。8.在服務(wù)器節(jié)點(diǎn)編譯、安裝Fortran90編譯器 先將Fortran90（我用的是Intel的）編譯器拷貝至/tmp下，然后用tar xvfz fortran90 .tar.gzj解壓縮 。運(yùn)行 ./install 選擇你所要安裝的類型，如果你的機(jī)器是基于IA－32,就選擇1 。如果你的機(jī)器是基于It anium(TM)-based system就選擇2 。如果要停止安裝，就選擇X 。選擇過之后安回車進(jìn)入 下一步，此時(shí)會(huì)要求你選擇 : 1.Intel(R) Fortran Complier for 32-bit Applications,Version 6.0 build 020312Z 2.2.Linux Applicationdebugger for 32-bit Applications,Version 6.0 buid 20020 x. Exit 按順序選擇1和2，最后選擇X 完成安裝并退出 。在選擇完1之后會(huì)要求你看版權(quán)聲明，輸入Accept繼續(xù)安裝 。默認(rèn)的安裝路徑為/opt/intel,選擇默認(rèn)路徑按Enter繼續(xù) 。選2之 后的情形與1相同 。如果不注冊(cè)可以用90天 。9.在服務(wù)器節(jié)點(diǎn)編譯、安裝mpich 1.2.3 將mpich 1.2.4：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz 。拷貝到一個(gè)臨時(shí)目錄 下，放在/tmp下了 。用root用戶登錄進(jìn)行編譯安裝 。(1). 對(duì)mpich的安裝進(jìn)行預(yù)處理： 首先，用tar xvfz mpich.tar.gz解壓 。生成mpich-1.2.3目錄 。切換到mpich-1.2.3目錄。運(yùn)行預(yù)處理： ./configure --prefix=/usr/local/mpi --對(duì)應(yīng)于用rsh進(jìn)行遠(yuǎn)程登錄的系統(tǒng) ./configure --prefix=/usr/local/mpi -rsh=ssh --對(duì)應(yīng)于用ssh進(jìn)行遠(yuǎn)程登錄的 系統(tǒng) 這里我們通知編譯系統(tǒng)mpich的安裝位置為/usr/local/mpich，運(yùn)行環(huán)境的遠(yuǎn)程shell為 rsh或ssh 。(2).編譯： make 運(yùn)行此命令后mpich軟件包會(huì)自動(dòng)編譯形成MPI系統(tǒng)的函數(shù)庫，需要數(shù)分鐘的時(shí)間，根據(jù) 不同的機(jī)器可以略有不同 。(3).安裝： make install 運(yùn)行此命令可以將MPI軟件包安裝到由./configure --prefix選項(xiàng)指定MPICH安裝目錄即 /usr/local/mpi 修改文件/usr/local/mpi/share/util/machines/machines.LINUX 。如下： node1 ndoe2 ...... ndoen 這一步是通知mpich運(yùn)行環(huán)境都有那些節(jié)點(diǎn)可供集群計(jì)算 。每個(gè)節(jié)點(diǎn)都這樣輸入一遍 。(4).測(cè)試安裝是否正確 在/usr/local/mpi/examples/basics下編譯cpi.c: make cpi 用命令行： ．．／．．／bin/mpirun -np 2 cp 運(yùn)行 。將會(huì)獲得如下信息 。Processes 0 on node1 Processes 1 on node2 ……..……………….. 如果能正常運(yùn)行即證明mpich軟件包安裝完全成功 。

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