為害最嚴(yán)重的是雜菌污染 ， 常見的雜菌有木霉、綠霉、黃霉、根霉等 。防治方法主要有：選用無霉變的材料 ， 培養(yǎng)料要進行堆制發(fā)酵并進行滅菌處理 ， 栽培場地要嚴(yán)格消毒 ， 發(fā)現(xiàn)有污染的要及時清理出去 。適當(dāng)通風(fēng)防止溫度過高、濕度過大 。
平菇栽培還經(jīng)常出現(xiàn)生理性病害：①小菇部分死亡：小菇太多時 ， 會有部分死亡 ， 主要是營養(yǎng)不足“饑餓”死亡；過早噴水或濕度過高、濕度太大亦會引起小菇死亡 。②大腳菇：常常是因為通氣不良 ， 二氧化碳濃度過高造成 。③幼菇枯萎：主要是培養(yǎng)料過干或空氣濕度偏低 。
平菇栽培的主要蟲害是菇蠅等 ， 一般按防治雜菌的方法能較好地防治菇蠅等害蟲 。同時 ， 在搬動過程中盡量防止塑料袋破損 。
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