以雜交方法或利用雜種優(yōu)勢培育優(yōu)良品種稱為雜交育種 。雜交可以使生物的遺傳物質(zhì)從一個群體轉移到另一群體，是增加生物變異性的一個重要方法 。
不同類型的親本進行雜交可以獲得變異性狀的重新組合，雜交后代中可能出現(xiàn)雙親優(yōu)良性狀的組合，甚至出現(xiàn)超親代的優(yōu)良性狀（例如，方正銀鯽與九江紅鯉雜交），當然也可能出現(xiàn)雙親的優(yōu)勢不明顯性狀組合，或雙親所沒有的劣勢性狀（例如，鳙魚與白鰱的雜交） 。
育種過程就是要在雜交后代繁育類型中選出符合育種目標的個體進一步培育，甚至獲得優(yōu)良性狀穩(wěn)定的新品種 。
雜交可以使雜交種后代增加變異性和異質(zhì)性，綜合雙親的優(yōu)良性狀，產(chǎn)生某些雙親所沒有的新性狀，使后代獲得較大的遺傳改良，出現(xiàn)可利用的雜種優(yōu)勢，并在魚類的品種改良和生產(chǎn)中發(fā)揮出巨大作用，是魚類育種的基本途徑之一，也是鰱、鳙魚雜交種培育出優(yōu)質(zhì)魚種有效措施 。
在雜交育種中應用最為普遍的是品種間雜交（指兩個品種間的雜交），其次是遠緣雜交(不同種、屬個體間似的雜交) 。實踐表明：品種間雜交，像鰱、鳙魚雜交在生產(chǎn)領域中不能推廣應用，關鍵是雜交后組合性狀不穩(wěn)定所造成的 。
鰱、鳙魚雜交種性狀是不是優(yōu)良性狀，從一齡魚種養(yǎng)殖生長速度、餌料系數(shù)與鰱、鳙魚比較沒什么差異，但二齡生長期中就有明顯的差異，生長速度緩慢、個體較小，嚴重影響產(chǎn)量 。由此可見，并非所有的雜交都能創(chuàng)造出好品種 。
雜種優(yōu)勢的形成和利用
雜交種質(zhì)優(yōu)勢是指兩個遺傳組成不同的親本雜交產(chǎn)生的雜種第一代，在生長勢、生活力、繁殖力、抗逆性、產(chǎn)量和品質(zhì)上比其雙親優(yōu)越的現(xiàn)象 。
雜交種質(zhì)優(yōu)勢是許多性狀綜合表現(xiàn)突出，雜交種質(zhì)優(yōu)勢大小往往取決于雙親性狀間的相對差異和相互補充 。一般而言，親緣關系、生態(tài)類型和生理特性上差異越大，雙親間相對性狀的優(yōu)缺點越能彼此互補；其雜種優(yōu)勢越強，雙親的純合程度越高，越能獲得整齊一致的雜種優(yōu)勢 。
雜交種質(zhì)優(yōu)勢往往表現(xiàn)于有經(jīng)濟意義的性狀，因而通常將產(chǎn)生和利用雜種優(yōu)勢的雜交稱為經(jīng)濟雜交 。目前，魚類雜交育種應用的最多的即是經(jīng)濟雜交，如果再讓子二代自交或繼續(xù)讓其各代自由交配，結果將是雜合性逐漸降低，雜種優(yōu)勢趨向衰退甚至消亡 。
目前，在淡水漁業(yè)生產(chǎn)上，雜交種質(zhì)優(yōu)勢的利用已成為提高產(chǎn)量和改進品質(zhì)的重要措施之一 。目前，經(jīng)過國家良種審定委員會審定的雜交種質(zhì)的鯉科、荷元鯉[荷包紅鯉（雌）×元江鯉（雄）]、豐鯉［興國經(jīng)鯉（雌）×散鱗鏡鯉（雄）]、芙蓉鯉［散鱗鏡鯉（雌）×興國紅鯉（雄）]等雜交種質(zhì)的利用可以帶來巨大的經(jīng)濟效益，如異育銀鯽，僅生長速度比親本快很多，而且抗逆性強、抗病能力強、成活率高、養(yǎng)殖產(chǎn)量高、品質(zhì)優(yōu)等經(jīng)濟優(yōu)勢 。
雜交育種技術
選擇親本是關鍵，首先要盡可能選用綜合性狀好、優(yōu)點多、缺點少或優(yōu)良性狀能互補的親本，同時也要注意選用生態(tài)類型差異較大，親緣關系較遠的親本雜交，如異育銀鯽是中國科學院(生物研究所)最早以黑龍江省的方正縣雙風水庫天然雌核發(fā)育的方正銀鯽為母本，江西省興國紅鯉為雜交父本獲得的異精三倍體雌核發(fā)育的子代，生長速度具有明顯優(yōu)勢 。
通常采用的雜交方式是親本確定以后，采用什么雜交組合方式直接關系育種的成敗，通常采用的有單交、復合雜交、回交等雜交方式 。
單交：兩個品種間雜交（單交）用x×y表示，其雜交種質(zhì)后代成為一代雜種，例如方正銀鯽（雌）×興國紅鯉（雄）雜交的種質(zhì) 。由于簡單易行，好操作，所以生產(chǎn)上應用最廣，一般主要是利用雜交種質(zhì)第一代，如異育銀鯽、荷元鯉 。
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