土壤菌肥不匹配土壤有酸堿之分，有機(jī)菌肥也有pH值，菌又有真菌、細(xì)菌之分 。中性和微酸性土壤宜施細(xì)菌性有機(jī)菌肥，堿性土壤宜施絲狀微生物的藻類有機(jī)菌肥，施用后能固定空氣中的氮，幫助作物利用以其他狀態(tài)存在的氮素養(yǎng)分 。其實(shí)，土壤中的微生物也很多，數(shù)量也很大，大部分微生物對作物的生長發(fā)育、土壤的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)、物質(zhì)循環(huán)都有很大影響，還能分解有機(jī)質(zhì)和礦物質(zhì)，釋放出營養(yǎng)元素供作物吸收利用 。酸性土壤施了堿性有機(jī)菌肥，酸堿中和降低了肥效，也使菌種受到傷害 。有些菌是需氧性很強(qiáng)的菌種，如放線菌、霉菌類等，含有這類菌種的菌肥施在板結(jié)、透氣性差的土壤中，別說發(fā)酵繁殖，菌種本身都難以成活，施肥效果可想而知 。
土壤理化性狀惡化
菌肥中的菌種賴以生存的條件是有機(jī)質(zhì)，但當(dāng)前80%以上的果園、大田、菜地等都在施用無機(jī)化肥，土壤板結(jié)透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等 。更嚴(yán)重的是有機(jī)肥極度缺乏破壞了土壤的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，降低了土壤的保肥保水能力 。果農(nóng)施商品有機(jī)菌肥一般每畝都在40公斤左右，有機(jī)質(zhì)很快被分解利用，有機(jī)肥中的菌種失去賴以生存的條件，不能繁衍生存，大部分死亡，這也是果農(nóng)在施用商品有機(jī)菌肥中發(fā)現(xiàn)的地厚施有機(jī)菌肥有作用而地薄無作用的道理 。
對菌種不了解
菌肥作為一種新型肥料，對農(nóng)民來說是個(gè)盲區(qū) 。正確看待區(qū)域代理商和生產(chǎn)廠家在鄉(xiāng)村的夸大宣傳，有的還拿著顯微鏡忽悠群眾，從來不講自家的菌肥是什么菌、起什么作用、在什么條件下施用、怎樣施用 。每種菌肥有它獨(dú)特的屬性和作用，果農(nóng)要不斷學(xué)習(xí) 。如同為芽孢桿菌，球狀芽孢桿菌、乳狀芽孢桿菌是細(xì)菌殺蟲菌，后者更長效；枯草芽孢桿菌是真菌，能有效防治根系周圍的真菌，使作物免受侵害；地衣芽孢桿菌是細(xì)菌性防病菌；EM菌抗重茬 。
施用溫度和方法不對
低于5℃菌種不能發(fā)酵繁殖，高于35℃菌種會被燒死，所以，地溫5℃～35℃內(nèi)施用菌肥才有效 。有機(jī)菌肥最好單獨(dú)施用，不要和大化肥(氮、磷、鉀)混合施用 。果農(nóng)為圖方便常和大化肥一起施用，在兩棵樹中間挖20厘米深、25厘米寬的溝，先把菌肥撒入溝內(nèi)，再撒大化肥最后填土，這和混施沒有區(qū)別，結(jié)果是大化肥殺死了菌種 。正確的施肥方法應(yīng)該是采取放射性溝施，挖30厘米寬、25～35厘米深的溝，先施入大化肥，填一層10厘米左右的土，再施菌肥 。這層隔離帶減少了大化肥水溶下滲后殺死菌種的機(jī)會 。
土壤中有機(jī)物不足
【菌肥為什么效果不好】土壤中有足夠的有機(jī)物或腐殖質(zhì)時(shí)才能被微生物菌利用，進(jìn)而使土壤微生物快速繁衍，激活營養(yǎng)元素 。以果園為例，可以進(jìn)行生草制，即草長15厘米不到20厘米時(shí)割刈，一年反復(fù)進(jìn)行覆蓋地面，兩年全園普翻一次，提高果園腐殖質(zhì)的含量；3～5年施一次發(fā)酵好的牛、豬、羊、雞、兔等家畜禽糞，為有機(jī)菌肥中菌種的發(fā)酵繁殖提供充足的基質(zhì) 。這樣不僅為果樹生長提供中、微量元素，還可以減少小葉、黃葉等生理病害的發(fā)生 。
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