物種消失
專家一致認為 ， 乾隆元年時期 ， 移民開發把耕地范圍擴張到了山地、丘陵 ， 這是農田墾殖突破傳統范圍的標志 ， 但同時也是生態環境逐漸萎靡的開始 。在森林物種資源方面 ， 一些動物群落不斷減少 ， 生物數量乃至物種不斷消失 。明代川北出沒尋常的華南虎消失就是很好的例證 。
清初關于虎患的記載有：“直至清初 ， 華南虎在四川分布廣泛 ， 說明那時墾殖率還比較低 ， 森林相對茂密 ?！薄拔鬣l縣山深林密 ， 經常有老虎出沒 ， 清溪、桑園鋪等地均有虎食人 ?！鼻∫詠?nbsp;， 蜀道沿線各府線仍有虎患 ， 但較清初已經銳減 。因此隨著移民的涌入 ， 物種消失的進程顯著加快 。
旱災頻繁
【湖廣填四川的影響，湖廣填四川百度百科】研究發現 ， 大移民以來 ， 地質地貌災害、旱澇災害等在四川地區發生得更為頻繁 。16世紀至17世紀是整個明清時期發生干旱災害最為頻繁的時期 ， 尤其是17世紀盆地東部地區 。陳世松等相關專家整合相關的史料時發現 ， 大移民時期是盆地的大旱年份 ， 平均每3年左右就要出現一次 。這與《四川歷史旱災表》統計的結論保持了一致：16世紀平均3.3年一次 ， 17世紀平均3年一次 ， 18世紀平均3.7年一次 ， 19世紀平均1.2年一次 。
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