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這些人越來越多，不加控制就會(huì)導(dǎo)致母體的崩潰，所有母體內(nèi)的人類都會(huì)死亡。
機(jī)器制造的最初兩個(gè)母體，一個(gè)是完美世界，一個(gè)是不太完美的世界，全部都失敗了。
機(jī)器的領(lǐng)袖白發(fā)設(shè)計(jì)師，在另一個(gè)探測(cè)人類感情程序，也就是先知的建議下，采用了錫安的制度。
也就是，設(shè)計(jì)師會(huì)創(chuàng)建叫做救世主的升級(jí)程序，用來探測(cè)人類的感情，同時(shí)將感覺到母體不真實(shí)的人類釋放出去。

這些人類進(jìn)入叫做錫安的城市，以避免母體的崩潰。
這樣維持大約三四十年以后，機(jī)器人就會(huì)進(jìn)行母體的升級(jí)，讓救世主程序回到源代碼中，釋放自己所有的代碼，同時(shí)重新組織另一個(gè)錫安。
而舊有的那個(gè)錫安中的幾十萬人類，都會(huì)被機(jī)器軍團(tuán)殺光，完成系統(tǒng)的重置。
這樣一來，母體可以通過不斷升級(jí)和不斷清除異端者，繼續(xù)維持下去。
之前已經(jīng)連續(xù)升級(jí)了5次，也就是說這個(gè)母體，已經(jīng)維持了差不多200年。
在第6次時(shí)，先知這個(gè)程序開始有了人類的感情。
她同情這些必將被殺死的人類，不愿意他們重復(fù)悲慘的命運(yùn) 。
而先知具有檢索母體，通過算法預(yù)測(cè)未來的能力。
她知道，第6個(gè)救世主尼奧，會(huì)和前面的5個(gè)不同。

在關(guān)鍵時(shí)候，前面5個(gè)救世主，選擇的是釋放代碼重建錫安，以保證人類和機(jī)器都能生存下去。
而這一屆救世主尼奧，因?yàn)橥弈莸俚臒釕?，?huì)選擇救她而不去救全世界。
而本來尼奧只要回到源代碼，他的程序就會(huì)重置。
尼奧的反面程序史密斯，也會(huì)被重置而摧毀，沒有威脅。
但尼奧選擇不會(huì)到源代碼，那么史密斯也就沒有被消滅，有一定的威脅。
史密斯會(huì)不斷感染母體的程序，時(shí)間久了會(huì)將母體搞垮。

不過，最終尼奧會(huì)被消滅，因?yàn)殄a安會(huì)被機(jī)器軍團(tuán)摧毀。
那么到時(shí)候，史密斯程序也會(huì)被清除。
然而，這就存在了一個(gè)時(shí)間差，大概24個(gè)小時(shí) 。
先知就利用24個(gè)小時(shí)，犧牲自己，故意被史密斯感染。

由此，史密斯具有了可以輕松摧毀母體的能力，還可以滲透進(jìn)入機(jī)器世界，控制一切。
這是本來不可能出現(xiàn)的。
先知可以預(yù)測(cè)未來，可以任意躲避史密斯，雙方根本不會(huì)見面。
白發(fā)設(shè)計(jì)師做夢(mèng)也沒有想到，先知會(huì)犧牲自己，做出不符合邏輯的選擇。
本來即便沒有人類作為能源，機(jī)器人應(yīng)該還有一些儲(chǔ)備能源，可以幫助他們度過困難時(shí)期，再建造新的母體。
現(xiàn)在連機(jī)器世界都無法保證了，又無法消滅史密斯程序這種病毒，機(jī)器人面臨著迅速滅亡。
那么，唯一的方法，就是尼奧主動(dòng)讓史密斯感染，而尼奧又必須在機(jī)器的控制下。

這樣，機(jī)器就可以通過，鎖定尼奧身上的史密斯代碼，將他徹底摧毀。
但這需要尼奧自愿被感染才可以實(shí)現(xiàn)，機(jī)器無法強(qiáng)迫他。
所以，尼奧借機(jī)提出人類和機(jī)器的和平要求時(shí)，機(jī)器無法拒絕，只能同意。
如果不這么選擇，機(jī)器世界馬上就要被史密斯滅亡。
于是，尼奧犧牲了自己，摧毀了史密斯，實(shí)現(xiàn)了人類和機(jī)器的和平。
這就是黑客帝國的故事。