此系統(tǒng)的工作原理是crRNA（CRISPR-derivedRNA）通過堿基配對(duì)與tracrRNA（trans-activatingRNA）結(jié)合形成tracrRNA/crRNA復(fù)合物，此復(fù)合物引導(dǎo)核酸酶Cas9蛋白在與crRNA配對(duì)的序列靶位點(diǎn)剪切雙鏈DNA 。而通過人工設(shè)計(jì)這兩種RNA ， 可以改造形成具有引導(dǎo)作用的sgRNA（singleguideRNA），足以引導(dǎo)Cas9對(duì)DNA的定點(diǎn)切割 。
【crisprcas9的原理】作為一種RNA導(dǎo)向的dsDNA結(jié)合蛋白 ， Cas9效應(yīng)物核酸酶是已知的第一個(gè)統(tǒng)一因子（unifyingfactor） ， 能夠共定位RNA、DNA和蛋白，從而擁有巨大的改造潛力 。將蛋白與無核酸酶的Cas9（Cas9nuclease-null）融合，并表達(dá)適當(dāng)?shù)膕gRNA，可靶定任何dsDNA序列 ， 而sgRNA的末端可連接到目標(biāo)DNA，不影響Cas9的結(jié)合 。因此，Cas9能在任何dsDNA序列處帶來任何融合蛋白及RNA，這為生物體的研究和改造帶來巨大潛力 。
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