丙酮酸進入線粒體是一種主動運輸方式 。由專門的丙酮酸載體運輸（這種載體也可以運送乳酸鹽） 。運輸方式是協同運輸中的反向運輸（antiport)，與線粒體中的氫氧根離子交換 。運輸的動力是線粒體內膜兩側的pH差（ΔpH） 。ΔpH是電子傳遞過程中氫離子跨膜運輸形成的，消耗了細胞代謝能量，所以是主動運輸 。
丙酮酸是利用氫離子協同運輸的，線粒體內膜的這個載體是一種特殊的順氫離子濃度的質子泵，它把所釋放的能量與ATP合成偶聯起來，將氫離子、ATP、丙酮酸等送過膜去 。
線粒體的外膜（outmembrane）含40%的脂類和60%的蛋白質，具有孔蛋白（porin）構成的親水通道，允許分子量為5KD以下的分子通過，1KD以下的分子可自由通過 。丙酮酸的相對分子質量只有90D，能夠自由通過線粒體外膜 。
【丙酮酸進入線粒體的方式 丙酮酸進入線粒體是什么方式】協同運輸（cotransport）是一類靠間接提供能量完成的主動運輸方式 。物質跨膜運動所需要的能量來自膜兩側離子的電化學濃度梯度，而維持這種電化學勢的是鈉鉀泵或質子泵 。
線粒體的內膜（innermembrane）含100種以上的多肽，蛋白質和脂類的比例高于3：1 。線粒體內膜通透性很低，僅允許不帶電荷的小分子物質通過，大分子和離子通過內膜時需要特殊的轉運系統 。丙酮酸通過線粒體內膜是利用H 梯度協同運輸的 。
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