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他在18歲時完成了中學的學業(yè)，并得到了一份完美的畢業(yè)報告。牛頓的學業(yè)成績如此優(yōu)秀，部分原因是為了挑戰(zhàn)和報復一個學校惡霸。劍橋心理學家西蒙·拜昂-柯恩認為，牛頓很可能患有亞斯伯格綜合癥。

1661年6月，他進入了劍橋大學的三一學院。在那時，該學院的教學基于亞里士多德的學說，但牛頓更喜歡閱讀一些勒奈·笛卡兒等現代哲學家以及伽利略·伽利萊、尼古拉·哥白尼和約翰內斯·開普勒等天文學家更先進的思想。
1665年，他發(fā)現了廣義二項式定理，并開始發(fā)展一套新的數學理論，也就是后來為世人所熟知的微積分學。
在1665年，牛頓獲得了學位，而大學為了預防倫敦大瘟疫而關閉了。在此后兩年里，牛頓在家中繼續(xù)研究微積分學、光學和萬有引力定律。
1667年，牛頓獲得獎學金，作為研究生重返劍橋大學三一學院。按照規(guī)定，只有被正式任命的牧師才有資格成為劍橋大學三一學院的研究生，由于持有非正統(tǒng)的宗教觀點，牛頓不愿意成為牧師。

但牧師職位的任命沒有最后期限，因此牛頓先獲得了研究生的名額，而牧師職位的任命被無限期地延后了。但是等后來牛頓被任命為盧卡斯數學教授席位時問題就來了，如此重要的職位不可能回避牧師職位任命這一條件。然而，牛頓獲得了查理二世的許可，還是繞開了這一限制。
晚年生活
牛頓在1690年代寫了很多處理圣經的文字解釋的宗教小冊子。亨利·摩爾的宇宙信仰和拒絕笛卡兒二元論影響了牛頓的宗教觀念。在他發(fā)給約翰·洛克的一個從未發(fā)表的手稿中，他質疑了三位一體的存在性。

逝世
牛頓于1727年3月31日[儒略歷: 1726年3月20日]在倫敦逝世，于威斯敏斯特教堂舉行國葬，成為史上第一個獲得國葬的自然科學家。
1970年代，對牛頓頭發(fā)的化學分析顯示其中水銀含量比正常值超出50多倍，最可能的解釋是他從事煉金術所致。汞中毒可能解釋牛頓晚年的一些怪異行徑。
牛頓之墓位于西敏寺中殿，墓地上方聳立著一尊牛頓的雕像,其石像倚坐在一堆書籍上。身邊有兩位天使，還有一個巨大的地球造型以紀念他在科學上的功績。
英格蘭詩人亞歷山大·蒲柏為牛頓寫下了以下這段墓志銘:
“自然和自然的法則隱藏在黑暗之中。
上帝說：讓牛頓出世吧，
于是一切豁然開朗。”
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