事情發展到這一步，其實已經超出了案件本身的討論范圍，變成了慎刑派和重刑派之爭 。北宋初年，宋太祖趙匡胤、宋太宗趙光義均認為應該“用重典以救時弊”，因而推崇重刑治國，各級官員在執行法律時，多以從嚴、從重、從快為標準 。因此，《宋刑統》雖基本沿用《唐律》，但在執行力度上，卻要嚴厲的多，這是符合北宋初年天下大勢的 。而隨著政治社會的逐步穩定，重刑治國思想顯然不再符合社會發展，因而很多大臣便希望將“罪疑惟輕”當成斷獄和立法的普遍準則，而不再是法外施恩的臨時舉措，因而形成了慎刑派 。而重刑派則認為應該遵從祖訓和舊例，對犯罪行為保持嚴懲態勢，從而保證威懾效果 。
而“登州阿云案”恰好發生在律法從嚴到寬的關鍵轉折階段，雙方自然據理力爭 。然而，朝臣雖然爭執不下，但宋神宗卻是支持慎刑派的，畢竟“謀殺已傷，按問欲舉，自首，從謀殺減二等論”的詔書就是他自己下的，因而王安石的意見最終被采納，皇帝下敕令“以王安石意見為準” 。同時，大理寺、審刑院和刑部審理阿云案的官員則全部因為“檢法失當”而獲罪 。
然而，即使作出“終審判決”的是皇帝本人，但仍有朝臣不服，齊恢、王師元、蔡冠卿等人繼續上奏，堅持認為許遵等人意見不公 。宋神宗于是令王安石和王師元等人反復辯論，但雙方相持不下，“與唐介等數爭議于帝前” 。因唐介已經是參知政事，由于他的加入，導致爭論的規模越來越大，直到最后呂誨上書“請中書、樞密院合議” 。然而，合議的結果卻是中書宰相“陳升之、韓絳議與安石略同”，呂公弼也表態支持王安石 。但樞密院文彥博則支持司馬光，雙方寸步不讓 。
熙寧二年(1069年)，宋神宗提拔王安石為參知政事，開始準備推行變法，不愿再在阿云案上僵持下去，于是在該年二月下詔“從今以后，凡是因謀殺而致人受傷的，如果自首或者按問欲舉的，就上奏朝廷，由皇帝決斷”，打算用和稀泥的方法了結此案 。
然而，面對皇帝的圣旨，刑部官員劉述、丁楓認為詔書不夠明確，不能發表 。于是神宗干脆重新下詔“以后碰到這類案子，按去年七月的詔書意見處理”，也就是按照王安石的意見執行，并將前一封詔書收回 。
然而，劉述等人依舊反對，并要求將前一封詔書交由中書省和樞密院合議 。而此時，由于王安石變法已經開始，因變法觸動了很多人的利益，這些人自然而然的便站到了王安石的對立面，于是阿云案又被卷入了新舊黨爭之中 。對于守舊派來說，他們的目的就是不惜一切代價、手段，全力打壓變法派 。這些人根本不去關心案件本身，只要是王安石支持的他們就反對，只要是王安石反對的他們就支持 。
同年八月，由于朝臣圍繞阿云案仍然爭論不休，甚至已經有發展為黨爭的趨勢，為了盡快了結此案，宋神宗再度下詔，“以后這類案子，還是按照今年二月的詔書辦理”，同時將劉述等人貶職，司馬光上奏力爭，神宗不予理會 。
于是，歷時兩年之久，阿云案至此終于迎來了一個結果，由于阿云的婚姻不合法，因而阿云最終被判處編管(即流放)，而編管流放的阿云又很快遇到大赦，因而很快便恢復了自由身，得以重新嫁人生子 。
那么此案至此就徹底了結了嗎?事實上并沒有，就在此案結案十六年后，即元豐八年(1085年)，宋神宗去世，年僅九歲的宋哲宗繼位，高太后垂簾聽政，司馬光再度為相，舊黨重新控制朝廷 。于是，司馬光重提此案，同年十月，宋哲宗下詔，“強盜按問欲舉自首者，不用減等”，此案竟然再度出現反轉 。
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