浙江大學(xué)的師范學(xué)院的全部和文學(xué)院、理學(xué)院留在杭州的部分等成立浙江師范學(xué)院，1958年更名為杭州大學(xué) 。
浙江大學(xué)的農(nóng)學(xué)院單獨(dú)分出成立浙江農(nóng)學(xué)院，1960年更名為浙江農(nóng)業(yè)大學(xué) 。
浙江大學(xué)的醫(yī)學(xué)院等成立浙江醫(yī)學(xué)院，1960年更名為浙江醫(yī)科大學(xué) 。
浙江大學(xué)的工學(xué)院則繼續(xù)留守本校，浙大暫時從綜合性大學(xué)變成了多科性的工科大學(xué) 。
1957年，經(jīng)批復(fù)，浙江大學(xué)開始恢復(fù)理科專業(yè)，同年重建了數(shù)學(xué)系、物理系 。1958年，浙江大學(xué)重建了化學(xué)系 。1960年，浙江大學(xué)重建了地質(zhì)系 。浙江大學(xué)由此成為了全國工科大學(xué)中第一個重建理科的大學(xué)，重新走上了理工結(jié)合的辦學(xué)道路，由工科大學(xué)逐漸發(fā)展為以工為主的理工科大學(xué) 。
1963年9月12日，浙江大學(xué)成為了全國重點(diǎn)高校 。
1978年，黨的十一屆三中全會的勝利召開，為浙江大學(xué)的復(fù)興，提供了非常寶貴的歷史機(jī)遇 。從此，浙江大學(xué)獲得了非常廣闊的發(fā)展空間，進(jìn)入了復(fù)興的歷史新時期 。
1978年3月25日，中國科學(xué)院和浙江省革委會，決定同意將浙江大學(xué)歸屬中國科學(xué)院和浙江省委雙重領(lǐng)導(dǎo)，以中國科學(xué)院為主 。1979年2月8日，中國科學(xué)院黨組任命著名物理學(xué)家、中國科學(xué)院副院長錢三強(qiáng)兼任浙江大學(xué)校長 。
1988年2月，浙江大學(xué)在路甬祥老校長的領(lǐng)導(dǎo)下，走上了快速發(fā)展的道路，路甬祥老校長也因此成為了浙大歷史上第二偉大的校長 。1989年1月28日，經(jīng)國家教委批復(fù)，浙江大學(xué)和清華大學(xué)成為了兩所綜合改革試點(diǎn)院校 。
綜合改革的總體目標(biāo)：爭取到2000年之前，把浙江大學(xué)建設(shè)成為以工為主、理工結(jié)合、設(shè)有文管、教育質(zhì)量和教學(xué)研究水平穩(wěn)定地全面地居于全國大學(xué)前列，在國際上有重大影響的綜合性理工科大學(xué) 。由此，浙江大學(xué)迎來了浙大百年發(fā)展史上的第二個黃金時期，邁出了復(fù)興的第一步 。
1995年，浙江大學(xué)成為首批7所列入國家“211工程”建設(shè)計(jì)劃的全國重點(diǎn)大學(xué)之一 。杭州大學(xué)、浙江農(nóng)業(yè)大學(xué)、浙江醫(yī)科大學(xué)也分別成為實(shí)力雄厚、特色鮮明，居于全國同類大學(xué)前列，在海外具有較大影響力的全國重點(diǎn)大學(xué)，并分別通過了“211工程”部門預(yù)審和重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目立項(xiàng)論證 。四所學(xué)校對浙江省乃至全國的經(jīng)濟(jì)建設(shè)和社會發(fā)展都作出了重要貢獻(xiàn) 。
新浙江大學(xué)時期
1998年9月15日，鑒于蘇聯(lián)高等教育模式的弊端越來越明顯，以及國家對建設(shè)世界一流大學(xué)的需要，經(jīng)批復(fù)，曾經(jīng)從浙江大學(xué)分離出去的杭州大學(xué)、浙江農(nóng)業(yè)大學(xué)、浙江醫(yī)科大學(xué)回歸浙大母體，共同組建了新的浙江大學(xué) 。
至此，自1952年院系調(diào)整以來所形成的四校分治的局面結(jié)束了 。浙江大學(xué)由此停止了對蘇聯(lián)模式的使用，恢復(fù)了1952年之前的學(xué)科設(shè)置，重新成為了綜合性大學(xué)，再次走上了快速發(fā)展的道路，并邁上了建設(shè)世界一流大學(xué)的新征程 。由此，浙江大學(xué)迎來了浙大百年發(fā)展史上的第三個黃金時期，邁出了復(fù)興的第二步 。
1999年，浙江大學(xué)成為首批9所列入國家“985工程”建設(shè)計(jì)劃的全國重點(diǎn)大學(xué)之一 。
2007年1月21日，浙江大學(xué)恢復(fù)了1952年院系調(diào)整時停辦的航空航天系，該系隸屬于新成立的航空航天學(xué)院 。
2009年上半年，浙江大學(xué)實(shí)行了學(xué)部制，全校調(diào)整為七大學(xué)部——人文學(xué)部、社會科學(xué)學(xué)部、理學(xué)部、工學(xué)部、信息學(xué)部、農(nóng)業(yè)生命環(huán)境學(xué)部、醫(yī)藥學(xué)部 。
2009年10月9日，中國的九校聯(lián)盟（C9）啟動，浙江大學(xué)成為聯(lián)盟成員之一 。
2012年6月10日，浙江大學(xué)成立了海洋學(xué)院，學(xué)院由海洋科學(xué)系和海洋工程學(xué)系組成，隸屬于工學(xué)部，位于浙大新成立的舟山校區(qū) 。
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