一是，駁回起訴，是否定原告程序上的請求權；駁回訴訟請求，則是否定了原告的實體請求權 。
二是，駁回起訴，意味著原告不符合法律規定的起訴條件，致使法院認為其不能起訴；駁回訴訟請求，則意味著原告已經符合了法律規定的起訴條件，但經過法院的實體審理之后，由于證據、依據等方面的原因，法院沒有其訴訟請求 。
三是，駁回起訴，表明案件并沒有進入實體上的審理，因而只能用裁定的方式結案；駁回訴訟請求，則表明案件已經經過實體審理，因而必須用判決的方式結案 。
四是，駁回起訴，指的是法院對于當事人的起訴實行登記立案制，如果當事人不符合《行政訴訟法》第49條的起訴條件的，裁定不予立案，立案后如果發現不符合起訴條件的，裁定駁回起訴 。法院經過審查認為這兩種生效裁定確有錯誤的，應當啟動再審程序 。
五是，駁回訴訟請求，指行政行為證據確鑿，適用法律、法規正確，符合法定程序的，或者原告申請被告履行法定職責或者給付義務理由不成立的，法院會判決駁回原告的訴訟請求，這是法院對原告訴訟請求的否定 。原告可以在規定的時限內上訴 。根據一事不再理原則，如果原告仍然以相同的理由和事實根據再次起訴的，人民法院不予受理 。
判決駁回訴訟請求，意味著法院維持了行政行為的效力，需要注意的是，法院判決行政機關行政行為合法的條件必須同時滿足證據、依據和法定程序三個條件，缺少任何一個條件，法院都只能判決行政行為不合法，而不能判決駁回原告訴訟請求 。
另外，駁回訴訟請求后的判決作出后，行政機關根據法律的規定，可以對原行政行為進行變更 。法院經過審查認為原判決確有錯誤的，也應當啟動再審程序 。
【駁回起訴與駁回訴訟請求的區別 駁回起訴和駁回訴訟請求的區別】觀點主要來源于《新<行政訴訟法>條文精釋及適用指引》，莫于川等著，中國人民大學出版社，第156－157，179頁 。
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