栽培袋接種后，要及時移入菇棚內發菌 。菇棚在使用前應進行消毒 。一般在使用前3天進行消毒 。先用10倍的火堿溶液用噴霧器向室內地面和墻壁進行噴霧消毒，再用甲醛和高錳酸鉀混合或點燃硫磺熏蒸消毒，用藥后密閉24小時，然后打開通氣口，通風換氣2天，最后用生石灰粉撒施 。
將栽培袋移入菇棚的床架上進行立體栽培，兩架之間留80-100厘米的走道，每架上每一米分一擋，每擋又分4-6層，每層上可以堆放多層栽培袋；溫度高時，每層要少放，防止袋內出現高溫；也可直接堆放在地上，一端出菇的栽培袋應兩袋相對并列為一排•出菇端向外，堆高數層 。兩端出菇的栽培袋應單排擺放堆高數層，兩排之間應留80-100厘米的走道，以便管理和采菇 。現在生產中多采用立體栽培模式，可以充分利用棚內的空間，既增加栽培面積，又便于管理 。
【當金針菇生長進入發菌期時期如何管理】菌絲生長會產生大量的二氧化碳，因此，在菌絲萌發后，特別是在菌絲蓋面以后，應通風，在菌絲萌發前期早晚通風各15-30分鐘，在中后期應通風30-60分鐘以上 。
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