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1、生產不同：黑蒼蠅是卵胎生，卵在肚子里先發育成幼蟲才生產，而綠頭蒼蠅是完全卵生 。
2、食性不同：綠蠅對腐肉更加敏感，常聚集在高度腐敗的蛋白質周圍，比如腐肉、動物尸體，對糖類不太感興趣 。黑蒼蠅正好相反，黑蒼蠅對糖類比較感興趣，還對動物的糞便感興趣 。
3、活動場所不同：綠頭蒼蠅的活動場所主要是室外，黑色蒼蠅的活動場所廣泛 。
蒼蠅的食性：
蒼蠅的食性取決于其種類 。有專門吸吮花蜜和植物汁液的，有專門嗜食人、畜血液或動物創口血液和眼、鼻分泌物的 。而人們常見的家蠅、大頭金蠅、絲光綠蠅、麗蠅、麻蠅則屬于雜食性蠅類；
【綠色蒼蠅和黑色蒼蠅有什么區別】即廣泛攝食人的食品、畜禽分泌物與排泄物、廚房下腳料及垃圾中有機物等 。它們對于糖、醋、氨味、腥味具有極強的趨向性 。據研究，雌蠅若單純供給水、糖及碳水化合物；
雖能生長，但卵巢不能發育、產卵；惟有加喂蛋白質食料或多種氨基酸，才能正常產卵 。若采用蜂王漿喂飼雌性家蠅，能縮短產卵前期，提高產卵量 。
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