針對慢性腹瀉有病因治療以及對癥治療兩大方式 。
【慢性拉肚子怎么治療】病因方面 ， 感染性腹瀉需針對病原體進行治療，抗生素相關性腹瀉則需要停用抗生素或調整原來使用的抗生素，可加用益生菌 ， 糞便移植是治療腸道難辨梭菌感染的一個重要手段，乳糖不耐受或麥膠性腸病，需分別剔除食物中的乳糖或麥膠成分，過敏或藥物相關的腹瀉，應避免接觸過敏原或停用有關藥物 。
對癥治療方面，要糾正腹瀉所引起的水，電解質紊亂和酸堿感染性腹瀉，對嚴重營養不良者應給予腸內或腸外營養的支持 。

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