1、行區政域不同
大興安嶺分為內蒙古大興安嶺和黑龍江大興安嶺，位于內蒙古自治區東北部和黑龍江省北部 。東北西南走向，為中國的著名山地 。東北起自黑龍江南岸和額爾古納河 ， 南止于赤峰市境內西拉木倫河上游谷地 。
小興安嶺位于中國黑龍江省東北部，地處北緯46°28′至49°21′，東經127°42′至130°14′ 。北部以黑龍江中心航線為界 ， 與俄羅斯隔江相望，邊境線長249.5千米，是中國東北邊疆的重要門戶 。林業施業區劃面積386萬公頃 。
2、山脈走向不同
大興安嶺是東北西南走向，山嶺東部陡峻險要，階梯地形顯著，西部和緩，逐漸沒入內蒙古高原 。山體比較渾圓，山脊不夠明顯，山頂緩平 。山地中有面積較大的低山丘陵和山間盆地、山間沖積一洪積平原、河谷平原等 。
小興安嶺是從北向東南走 。小興安嶺屬低山丘陵，地理特征是“八山半水半草一分田” 。北部多臺地、寬谷；中部低山丘陵 ， 山勢和緩；南部屬低山，山勢較陡 。最高峰為平頂山 ， 海拔1429米 。西部鐵力市位于松嫩平原，地勢呈波狀 。【大興安嶺和小興安嶺的區別 大興安嶺是原始森林嗎】
3、主要樹種不同
大興安嶺有興安落葉松為主的針葉林帶和白樺為主的闊葉林帶 ， 是我國重要的林業生產基地，素有“綠色寶庫”之稱 。小興安嶺主要樹種有紅松、云杉、冷杉、興安落葉松、樟子松、水曲柳、黃菠蘿、胡桃楸、楊、椴、樺、榆等，藤條灌木遍布整個施業區 。
4、種族的演變不同
秦朝由共同的祖先-東胡演化為大興安嶺的鮮卑（北嶺）和契丹（南嶺）；小興安嶺的扶余氏和長白山的勿吉，之后小興安嶺演化為室韋，生存了很久，終被契丹演化成的大遼所滅 ， 之后又改稱為大金、滿清 。
