NTFS與FAT是兩種不同的磁盤文件系統格式，就像兩個不同的圖書館，他們書架的擺放，尺寸各不相同，管理方式也各不相同 。
1、支持分區大小不一樣
NTFS可以支持的分區（如果采用動態磁盤則稱為卷）大小可以達到2TB（2048GB），而Windows 2000中的FAT32支持分區的大小最大為32GB 。【fat和ntfs的區別 ntfs與fat相比,有哪些優點】
2、針對電腦用戶的加密方式不一樣
可以針對電腦用戶對該格式下所有的文件夾、文件進行加密、修改、運行、讀取目錄及寫入權限的設置 。此外，在磁盤分區下任意文件夾或文件上右鍵屬性，在高級屬性窗口中勾選中加密內容以便保護數據即可做到加密 。
FAT32文件安全設置：不支持；NTFS文件安全設置：支持 。
3、對于磁盤的空間利用率不一樣
在一臺電腦有多個用戶使用時，而作為系統管理員，可以給用戶設置不同的磁盤空間容量，被設置用戶只能使用這個被限額的磁盤空間 。
在Windows2000的FAT32文件系統的情況下，分區大小在2GB到8GB時簇的大小為4KB；分區大小在8GB到16GB時簇的大小為8KB；分區大小在16GB到32GB時，簇的大小則達到了16KB 。
而Win 2000的NTFS文件系統 ， 當分區的大小在2GB以下時，簇的大小都比相應的FAT32簇?。壞狽智拇笮≡?GB以上時（2G到2TB），簇的大小都為4KB 。
相比之下，NTFS可以比FAT更有效地管理磁盤空間，最大限度地避免了磁盤空間的浪費 。
