現(xiàn)存的最低等脊索動(dòng)物 ， 如海鞘、文昌魚等 ， 由于體內(nèi)還沒有堅(jiān)硬的骨骼 ， 至今還沒有發(fā)現(xiàn)它們的化石祖先 。因此 ， 關(guān)于脊索動(dòng)物的起源 ， 只能用比較解剖學(xué)和胚胎學(xué)的證據(jù)來進(jìn)行推測(cè) 。
脊椎動(dòng)物的進(jìn)化可以分為三個(gè)大階段：第一階段是在水中的進(jìn)化 ， 也就是魚類（軟骨魚和硬骨魚）的進(jìn)化；第二階段是從水中到陸地上的進(jìn)化 ， 即兩棲類和爬行類的進(jìn)化；第三階段是由爬行類進(jìn)化出來的兩支高等脊椎動(dòng)物 ， 鳥類和獸類的進(jìn)化 。
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