上面說的是犬科的傳統(tǒng)分類方法，但現(xiàn)在犬科的分類發(fā)生了重大變化 。藪犬亞科已經(jīng)不復(fù)存在，因為根據(jù)分子生物學(xué)的結(jié)論，豺（亞洲野犬）、非洲野犬和犬屬之間的差異并非像之前想象的那么大，而高挑的鬃狼卻被證實和小短腿藪犬有著最親的親緣關(guān)系 。和其它犬屬物種格格不入的黑背胡狼和側(cè)紋胡狼被踢出了犬屬，因為它倆和犬屬的關(guān)系，比豺、非洲野犬和犬屬的關(guān)系還要遠(yuǎn) 。
按照最新的分類，犬科動物有三條主要支系：狼型犬科動物，包括犬屬、豺?qū)俸头侵抟叭畬俚龋ê诒澈呛蛡?cè)紋胡狼已經(jīng)獨立成屬）；南美犬科動物，包括鬃狼、藪犬、小耳犬、阿根廷狐等南美洲原生犬科動物；狐型犬科動物，包括紅狐、北極狐、耳廓狐在內(nèi)的絕大部分南美洲以外的狐貍 。狐亞科的多半成員仍然屬于狐型犬科動物，只有少部分被調(diào)整 。
灰狐，雖然它很像狐貍，但不是真正的狐貍
除了上述三個主要支系之外，還有兩個物種位于分支的基部：灰狐和島嶼灰狐，這倆貨在狐亞科的一堆狐貍精中本來就顯得格外孤立，分類學(xué)家對它們一直就很撓頭 。作為犬科動物，它們居然會爬樹！現(xiàn)在塵埃落定，分子生物學(xué)的證據(jù)說明，灰狐和島嶼灰狐在犬科動物屬于另類的小支系，它們的遠(yuǎn)祖在犬科動物分化之初就已經(jīng)另立門戶了 。
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