黑之書的克隆被分發(fā)給乞丐和窮人希望能找到一個原型Gestalt,尼爾和他的妹妹也拿到了一本，然而看到不少與黑之書簽訂契約的人被剝離后的靈魂暴走，尼爾帶著妹妹逃離了新宿 。
然而尼爾的妹妹尤娜染上了WCS, 世界凈化阻止允諾尼爾如果他愿意自己的靈魂被抽取成為Gastalt,他們會冰封尤娜直到1000年后Gestalt計(jì)劃徹底成功 。為了拯救尤娜，尼爾和黑之書簽訂了契約，他成為了原型Gestalt和魔王向Gestalt計(jì)劃持續(xù)提供瑪索 。
2764年，在機(jī)器人指令下不停與軍團(tuán)戰(zhàn)斗以及清除瑪索殘余的復(fù)制人逐漸產(chǎn)生了自我意識 。
3276年，一個想要拯救愛人的復(fù)制人帶著愛人的尸體去了紅眼被殺死的地方，耶路撒冷，希望那兒殘留的白色迷霧能讓他的愛人復(fù)活 。從霧中出來的愛人眼睛卻變成了紅色，并且瞬間殺了這名青年，新一代紅眼就此誕生 。
3287年， 復(fù)活的紅眼持續(xù)進(jìn)攻復(fù)制人，然而有著一名機(jī)器人和4名復(fù)制人的小隊(duì)經(jīng)過艱苦戰(zhàn)斗最終除掉了紅眼，同時地球上最后一點(diǎn)瑪索殘余也被清除成功，凈化成功結(jié)束 。
3288年，凈化后人類靈魂逐漸蘇醒，然而當(dāng)他們找到自己的復(fù)制體想要植入靈魂時，復(fù)制人卻把這些靈魂當(dāng)成怪物(他們的外表就是shade)，人類(shade)和復(fù)制人的大戰(zhàn)就此展開 。然而也有少數(shù)機(jī)器人管理者統(tǒng)治的地方復(fù)制人成功接受了人類的存在，并且讓他們在自己體內(nèi)被喚醒，而這些人也成為了機(jī)械紀(jì)元里僅存人類的祖先(推測) 。
3300~，盡管有尼爾提供瑪索，沒有找到身體的人類靈魂還是不?？窕?，見此情況尼爾日漸懷疑尤娜究竟能不能被治好,他決定自己采取行動
尼爾R劇情故事
之后Nier Replicant游戲的故事發(fā)生，簡單來說來自舊世界的機(jī)器人管理者Devola和Popola察覺到人類在狂化的威脅下瀕臨滅絕，無奈之下她們讓照顧感染有黑紋病(1)的復(fù)制體尤娜的復(fù)制體尼爾找到白之書，寄希望融合白/黑兩書能讓人類靈魂強(qiáng)行植入復(fù)制人體內(nèi) 。隨之復(fù)制體尤娜被魔王(尼爾本人)綁走，希望能將真尤娜的靈魂傳輸?shù)綇?fù)制品尤娜的身體里 。為了救出尤娜，尼爾復(fù)制品聯(lián)合了半人半shade的凱恩，看上去是個小男孩實(shí)為秘密武器的埃米爾花費(fèi)5年時間找到了魔王，此時尤娜的靈魂已經(jīng)進(jìn)入了她的復(fù)制品身體中，但是感受到復(fù)制品對哥哥的思念，她放棄了占有就此死去 。決戰(zhàn)過后凱恩WCS發(fā)作，為了拯救凱恩尼爾復(fù)制品犧牲自己，醒來后的凱恩和尤娜就此徹底忘記了尼爾，仿佛他不曾存在過一般(結(jié)局D)，而魔王尼爾的死亡也讓Gestalt計(jì)劃徹底破產(chǎn)，所有原型人類失去瑪索的供給加速死亡 。
1.黑紋?。涸涂窕膹?fù)制品會逐漸感染此病，全身被黑色文字纏繞直至死去
緊跟在結(jié)局D的結(jié)局E中，3473年凱恩在森林中發(fā)現(xiàn)了一座鐵塔，鐵塔的作用是在現(xiàn)有復(fù)制人的基礎(chǔ)上制作新的復(fù)制人，確保Gestalt計(jì)劃能繼續(xù)下去 。在塔內(nèi)凱恩結(jié)識了一個自稱是森林看守者的年輕人，他說他的存在和白/黑之書類似，并且指出這座森林是古代人類研究惡魔元素(瑪索)的場所 。隨后他暗指這個地方的時間所剩無幾，銷毀程序已經(jīng)開始了 。埃米爾幫助凱恩摧毀了鐵塔，與此同時看守者不停的向凱恩提起一個她怎么也想不起來的人 。最后看守者斷言這個世界是個失敗品，最終到達(dá)能量源頭的凱恩和重新制造出來的尼爾復(fù)制體團(tuán)聚 。
尼爾機(jī)械紀(jì)元故事背景
4198年，最后一個人類靈魂消散，存活下來的人類只有之前和復(fù)制品成功結(jié)合的一小部分 。
5012年，地球被外星人(!!!)入侵，太空大戰(zhàn)就此展開 。埃米爾成功復(fù)制了超過8500多萬個自己以抵抗外星人 。機(jī)器生命逐漸占領(lǐng)地球，機(jī)械紀(jì)元中的機(jī)器生命正是由外星人所操控的 。
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