明弘光元年四月（清順治二年，1645年（乙酉年）），南明弘光朝兵部尚書史可法督率揚(yáng)州軍民抗御清軍圍攻的守衛(wèi)戰(zhàn)失敗以后，清軍對(duì)揚(yáng)州城內(nèi)的人民展開了慘無人道的大屠殺，當(dāng)時(shí)的幸存者王秀楚所著《揚(yáng)州十日記》中記載屠殺共持續(xù)十日，故史稱此事件為“揚(yáng)州十日”，此劫揚(yáng)州死難八十萬人 。
1645年，清政府設(shè)立江南省，揚(yáng)州府屬之 。
康熙六年（1667年），江南省正式分為江蘇、安徽二省，揚(yáng)州府屬江蘇省 。
咸豐三年（1853年）四月，太平軍攻占揚(yáng)州，曾改揚(yáng)州府為揚(yáng)州郡，改甘泉縣為甘泉天縣，歷時(shí)8個(gè)多月 。清末，揚(yáng)州府領(lǐng)高郵州、泰州和江都、甘泉、天長（滁州）、儀征、興化、寶應(yīng)、東臺(tái)縣，俗稱“揚(yáng)八屬” 。宣統(tǒng)三年九月十七日（1911年11月7日），揚(yáng)州光復(fù) 。二十日，揚(yáng)州軍政分府宣布成立，隸屬鎮(zhèn)江都督管轄 。民國元年（1912年）1月，廢揚(yáng)州府，并甘泉入江都縣，原揚(yáng)州府所屬各縣直隸江蘇省 。民國3年6月，江蘇省分為5道，江都縣屬淮揚(yáng)道 。
民國38年（1949年）1月25日，江都縣城（揚(yáng)州）解放 。27日，設(shè)立揚(yáng)州市，隸屬蘇皖邊區(qū)第二行政區(qū) 。同年蘇皖邊區(qū)第二行政區(qū)改稱蘇中行政區(qū)揚(yáng)州行政專區(qū)，專員公署駐揚(yáng)州市 。
1950年1月，揚(yáng)州專區(qū)與劃出如皋、海安給南通專區(qū)，劃出東臺(tái)、臺(tái)北（今大豐）給鹽城專區(qū)以后的泰州專區(qū)合并，滁州劃出六合縣給揚(yáng)州，并劃出江浦縣給南京 。揚(yáng)州專區(qū)轄揚(yáng)州市、泰州市、興化縣、高郵縣、寶應(yīng)縣、靖江縣、泰興縣、江都縣、泰縣、儀征縣、六合縣2市9縣 。
1956年3月，江都縣析為江都、邗江2縣 。1960年4月，寶應(yīng)縣、高郵縣析湖西地區(qū)為金湖縣 。1966年3月，儀征、六合、金湖3縣劃給新設(shè)立的六合地區(qū) 。1971年，六合地區(qū)撤銷，儀征、六合2縣劃回?fù)P州地區(qū) 。1975年，六合縣劃歸南京市，揚(yáng)州地區(qū)轄2市9縣 。
1983年3月，江蘇省改革地市體制，調(diào)整行政區(qū)劃，揚(yáng)州地區(qū)行政公署撤銷 。原屬揚(yáng)州地區(qū)的泰州市和江都、邗江、泰縣、高郵、靖江、寶應(yīng)、泰興、興化、儀征9個(gè)縣劃歸揚(yáng)州市管轄 。揚(yáng)州市改由省管轄，設(shè)廣陵區(qū)和郊區(qū) 。1986年4月，儀征縣撤縣設(shè)市 。1987年12月，興化縣撤縣設(shè)市 。1991年4月，高郵縣撤縣設(shè)市 。1992年9月，泰興縣撤縣設(shè)市 。1993年8月，靖江縣撤縣設(shè)市 。1994年4月，江都縣撤縣設(shè)市 。1994年7月，泰縣撤縣設(shè)立姜堰市 。
1996年8月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，揚(yáng)州市行政區(qū)劃調(diào)整，撤銷縣級(jí)泰州市，設(shè)立地級(jí)泰州市，原由揚(yáng)州市代管的泰興、姜堰、靖江、興化4個(gè)縣級(jí)市劃歸泰州市管轄 。揚(yáng)州市設(shè)廣陵區(qū)、郊區(qū)（2002年更名維揚(yáng)區(qū)），轄寶應(yīng)縣、邗江縣，代管儀征、高郵、江都3個(gè)縣級(jí)市 。
2000年12月，邗江縣撤銷縣建制，改設(shè)揚(yáng)州市邗江區(qū) 。揚(yáng)州市共轄廣陵、邗江、維揚(yáng)3個(gè)區(qū)和寶應(yīng)1個(gè)縣，代管儀征、高郵、江都3個(gè)縣級(jí)市 。
2011年11月13日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷縣級(jí)江都市，設(shè)立揚(yáng)州市江都區(qū) 。將揚(yáng)州市邗江區(qū)的泰安、頭橋、沙頭、李典、杭集5個(gè)鎮(zhèn)并入揚(yáng)州市廣陵區(qū) 。撤銷揚(yáng)州市維揚(yáng)區(qū)，將原維揚(yáng)區(qū)的行政區(qū)域與劃出5個(gè)鎮(zhèn)的邗江區(qū)合并 。
2016年11月23日國務(wù)院正式批復(fù)揚(yáng)州高郵市為國家歷史文化名城，成為全國第130座、江蘇省第13座國家歷史文化名城、揚(yáng)州第2座國家歷史文化名城 。
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