1890年春 ， 摩爾根完成“論海蜘蛛”的博士論文,獲霍普金斯大學(xué)博士學(xué)位 。1891年秋 ， 摩爾根受聘于布林馬爾學(xué)院,任生物學(xué)副教授 。
1895年升為正教授 ， 從事實驗胚胎學(xué)和再生問題的研究 。1903年摩爾根應(yīng)威爾遜之邀赴哥倫比亞大學(xué)任實驗動物學(xué)教授 。從1909年到1928年,摩爾根創(chuàng)建了以果蠅為實驗材料的研究室 ， 從事進(jìn)化和遺傳方面的工作 。
1928年,62歲的摩爾根不甘心頤養(yǎng)天年的清閑生活 ， 應(yīng)聘為帕薩迪納(Pasadna)加州理工學(xué)院的生物學(xué)部主任 。他將原在哥倫比亞大學(xué)工作時的骨干布里奇斯、斯圖蒂文特和杜布贊斯基(T·H·Dobzhansky,1900-1975)再次組織在一起 ， 重建了一個遺傳學(xué)研究中心,繼續(xù)從事遺傳學(xué)及發(fā)育、分化問題的研究 。
1945年12月4日 ， 因動脈破裂,摩爾根在帕薩迪納逝世 ， 享年78歲 。
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